제주도와 여객선 운항 노선이 있는 항구 도시는 인천,부산,목포,해남(우수영),완도,고흥(녹동항),여수이다.

장흥(노력항)에서 성산항으로 운항 노선이 있으나 현재는 임시 휴항중이다.부산-제주 항로는 2016년 7월 20일부터 운항을 재개하였고,인천-제주 항로는 2021년12월10일부터 운항하고 있다.

야간 운항으로 아침에 제주항에 도착하는 배편은 인천,목포,부산,여수에서 각각 출발한다.

인천항에서는 저녁7시에  출항하여 다음날 오전9시30분에 제주항에 도착한다. 목포항에는 심야에 출항하여 새벽에 제주항에 도착하는 여객선이 있고, 부산항에서는 저녁7시에 출항하여 다음날 오전7시에 제주항에 입항한다. 여수항에서도 새벽 1시40분에 출발하여 오전7시30분에 제주항에 도착한다.

여수를 경유하는 경우 여수엑스포역과 여수엑스포신항이 가까워서 환승이 쉽다.

인천항 여객터미널에 가장 가까운 전철역은 1호선 동인천역이며, 평일에 이용할 수 있는 가까운 역은 7호선 석남역이다. (2022.05.30 기준으로 주중에 자전거 휴대가 가능한 수도권 전철은 공항철도,7호선,경춘선이다.)

제주항의 경우 항로나 운항 시간에 따라 국제여객선터미널과 연안여객선터미널을 선택적으로 이용하므로 사전에 확인해야 한다. 두 터미널은 서로 1.3km 정도 떨어져 있다.

제주항 국제/연안 여객터미널 안내도 제주항 국제/연안 여객터미널 안내도